חידון התנ"ך כולל שלבים מוקדמים: ראשית נערכים חידונים בית-ספריים, המצטיינים מגיעים לחידונים רשותיים והשלב הבא הוא החידונים המחוזיים. הזוכים בחידונים המחוזיים מגיעים לחידון הארצי כאשר ממנו מעפילים ארבעת המצטיינים (שניים מבתי הספר הממלכתי ושניים מבתי הספר הממלכתי-דתי) לחידון התנ"ך העולמי. למשתתפים בחידון בשלבים המתקדמים מזומנות חוויות מרתקות בפעולות תוכנית חות"ם (חונכות תנכית מובילה) ובמחנות ההכנה לחידון.

המתמודדים שמעפילים לחידון מכל העולם ומישראל משתתפים ב'מחנה תנ"ך' שנמשך כשבועיים, בו מתקיימים החידון העולמי וחידון התפוצות. במהלך המחנה, נבחנים עשרות המתמודדים במבחן בכתב, ובו נקבע מי יהיו משתתפי החידון העולמי הפומבי ביום העצמאות, אשר משודר בשידור חי בטלויזיה.

כל תלמיד ותלמידה בבית ספר על-יסודי מכיתות ח' עד י"ב מוזמנים להשתתף בחידון. המבקשים להירשם לחידון יפנו למחנך הכיתה, או לרכז החברתי, או לרכז מקצוע התנ"ך בבית הספר.

מהחידון הבית ספרי יעפילו 3-6 התלמידים בעלי הציון הגבוה ביותר לשלב המחוזי בכתב.
מהחידון המחוזי בכתב יעפילו לחידון המחוזי הפומבי 16 המתמודדים בעלי הציון הגבוה ביותר מכל זרם חינוכי, זאת בתנאי שיעברו ציון סף של 20 נקודות במבחן בכתב.
מהחידון המחוזי יעלה המתמודד עם הציון הגבוה ביותר מכל זרם לחידון הארצי.
לחידון הממיין לקראת חידון התנ"ך העולמי ביום העצמאות יעלו שני הזוכים בחידון הארצי מכל זרם חינוכי.

ההשתתפות בחידון התנ"ך ביום העצמאות טומנת בחובה כבוד ויוקרה לבני הנוער המשתתפים בחידון. אך מעבר לכל אלה, הוחלט על תמריץ אשר ימשוך את בני הנוער ליטול חלק בחידון התנ"ך: אנחנו במשרד החינוך נעניק זכאות לציון 100 בהערכה החלופית בבגרות בתנ"ך לכל המשתתפים בחידון המחוזיים הפומביים שיצברו ניקוד גבוה מ-30 נקודות. בנוסף, שני הזוכים במקומות הראשונים בכל זרם חינוכי בכל מחוז יזכו לציון 100 בבגרות הבסיסית בתנ"ך.